Piliers de la nef de l'abbatiale de Buillon. Détail d'un cliché fin XIXe siècle. http://memoirevive.besancon.fr
C'est ici qu'au tout début du XIIe siècle des moines partis de Molesme (Bourgogne) en direction de Aulps (Haute-Savoie) décidèrent la fondation d'une abbaye. L'isolement du site,
la géographie du terrain présentant une surface plane suffisante, la présence d'abondants petits cours d'eau, et la proximité d'un axe de communication important favorisèrent certainement ce choix.
Les historiens s'accordent sur 1107 comme année officielle de sa fondation. Tout d'abord bénédictine jusqu'en 1129, date à laquelle elle revendiqua son indépendance de l'ordre de Cluny alors très critiqué
pour sa déviance de la règle originelle et fondatrice instaurée par Saint Benoit, elle rejoint finalement l'ordre cistercien en 1136 sous l'impulsion directe de Bernard de Clairvaux (futur Saint Bernard).
En 1131, elle participe à la construction de l'abbaye de Bonmont (canton de Vaud, Suisse) qui devient sa première fille. Elle fonde ensuite l'abbaye de Buillon (Chenecey, Doubs) en 1147.
L'abbatiale est
terminée aux alentours de 1150.
Dès lors son développement et sa prospérité allèrent bon train car dès 1180 une communauté d'environ 150 moines et convers s'y était
établi. Le domaine de l'abbaye compta très vite une douzaine de granges (dont Rubea Aqua, Ardon, Le Rotour, Loulle, Saffloz, Songeson, Lons-Le-Saunier, et Montorge), des granges-celliers à Salins, Cuiseaux, Glénon (aujourd'hui Vauxy).
A l'instar de la plupart des abbayes, le déclin s'amorça dans la seconde moitié du XIIIe siècle où un certain relâchement vis à vis de la règle se fit connaître.
Le XIVe siècle et plus particulièrement les conséquences de la guerre de cent ans, accompagnées de conditions climatiques dégradées, de famine, et des épidémies de peste précipitèrent sa
chute. En 1359, les routiers (compagnies d'anciens soldats reconvertis en bandes de brigands) pillèrent et brûlèrent une bonne partie de l'abbaye, qui fut abandonnée pendant une trentaine d'années. Les survivants trouvèrent
refuge à l'abbaye de Mont Sainte Marie (Doubs).
La commende (mise sous tutelle de l'autorité royale et nomination des abbés par le Roi) est instaurée dès la fin du XVe siècle et
de façon définitive en 1516.
Après sa reconstruction, l'abbaye retrouve une certaine prospérité au XVIe siècle qui fut un siècle de paix et de renouveau économique
pour toute la région, jusqu'à la guerre déclenchée en 1595 par Henri IV contre son grand rival, Philippe II, alors Roi d'Espagne et Comte de Bourgogne.
Au XVIIe siècle, la guerre
de dix ans entre le royaume de France et la maison de Saxe-Weimar, va à nouveau affecter toute la région de façon dramatique. La population comtoise est décimée à hauteur de 50 à 80% et l'abbaye n'est pas épargnée.
En 1755, un incendie accidentel ravage la totalité de l'abbaye. Sa démolition est proclamée et seuls quelques bâtiments (grange et porterie) seront reconstruits avec les pierres des bâtiments
ruinés.
A la révolution, les restes de l'abbaye et son contenu (qui ne comptait plus qu'un prieur et une poignée de moines) sont vendus aux enchères comme bien national et les bâtiments
subsistants seront démantelés en 1791, ne laissant encore visibles aujourd'hui qu'un corps de bâtiment classique (daté de 1702) comprenant l'ancienne cuisine de l'ensemble claustral et une grange du XVIIIe siècle construite
avec les débris des bâtiments abandonnés après l'incendie, juste au nord de l'ancien moulin.